Вычислительная биология

Bioinformatics Toolbox - это пакет расширения MATLAB содержащий набор функций и алгоритмов для обработки биологических данных, исследований в области биоинформатики, генной инженерии и разработки лекарственных препаратов. Пакет включает инструменты для выравнивания нуклеотидных последовательностей, редактирования белковых цепочек, инструменты для построения филогенетических деревьев различными методами (Neighbor-joining, weighting, canonical forms, rerooting) Bioinformatics Toolbox осуществляет поддержку форматов представления генных и белковых данных, содержит специальные средства визуализации и анализа. Большинство функций написано на языке MATLAB, что позволяет, изменять существующие и создавать свои собственные алгоритмы.

SimBiology - это библиотека для имитационного моделирования, анализа и визуализации биохимических процессов. Содержит средства настройки биологических типов, параметров, реакций, правил и кинетических законов модели. Поддерживает Systems Biology Mark-Up Language (SBML). Позволяет имитировать модель с использованием стохастических и детерминированных решений. С помощью SimBiology можно осуществлять калибровку реакции модели на экспериментальные данные. Пакет позволяет вычислять чувствительность всех видов систем относительно начальных параметров.