Параметри:

/e – шифрує указані каталоги. Каталоги позначаються таким чином, щоб файли, які будуть додаватися в каталог пізніше, також шифрувалися.

/d – розшифровує указані каталоги. Каталоги позначаються таким чином, щоб файли, які будуть додаватися в каталог пізніше, також шифрувалися.

/s: каталог – виконує обрану операцію над указаним каталогом й усіма підкаталогами в ній.

/a – виконує операцію над файлами й каталогами.

/i – продовження виконання указаної операції навіть після виникнення помилок. За умовчуванням виконання cipher припиняється після виникнення помилки.

/f – виконання шифрування або розшифровування указаних об'єктів. За умовчуванням вже зашифровані або розшифровані файли пропускаються командою cipher.

/q – включення у звіт тільки найбільш важливих відомостей.

/h – відображення файлів з атрибутами "Прихований" і "Системний". За умовчанням ці файли не шифруються й не розшифровуються.

/k – створення ключа шифрування файлу для користувача, що виконав команду cipher. Якщо використовується даний параметр, усі інші параметри команди cipher не враховуються.

/u – відновлення ключа шифрування файлу користувача або ключа агента відновлення на поточні ключі у всіх зашифрованих файлах на локальному диску (якщо ці ключі були змінені). Цей параметр використовується тільки разом з параметром /n.

/n – заборона відновлення ключів. Даний параметр служить для пошуку всіх зашифрованих файлів на локальних дисках. Цей параметр використовується тільки разом з параметром /u. Шлях – указує шаблон, файл або папку.

/r: ім'я_файлу_без_розширення – створення нового сертифіката агента відновлення й закритого ключа з наступним їхнім записом у файлах з іменем, зазначеним у параметрі ім'я_файлу_без_розширення. Якщо використовується даний параметр, всі інші параметри команди cipher не враховуються.

/w:шлях – видалення даних з розділів, що не використовуються. Параметр шлях може вказувати на будь-який каталог, який потрібний. Якщо використовується даний параметр, усі інші параметри команди cipher не враховуються.

/? – відображення довідки в командному рядку.

Використання параметру /w.

Параметр /w видаляє дані з доступних розділів тому й не застосуємо до файлів або каталогів. При використанні даного параметра диск не блокується, тому інші програми можуть звертатися до розділів на диску, які в цьому випадку не можуть бути стерті cipher. Оскільки даний параметр виконує запис у більшу частину дискового тому, для завершення роботи програми може знадобитися багато часу, а тому його слід використовувати тільки при необхідності.

Шифрування й розшифровування файлів.

Щоб запобігти розшифровуванню зашифрованого файлу при зміні, рекомендується зашифрувати й файл, і папку, у якій він перебуває.

Використання файлів і папок, які доступні тільки для читання.

За допомогою команди cipher не можна зашифрувати файли, доступні тільки для читання.

Використання декількох параметрів.

Параметри повинні бути розділено між собою принаймні одним проміжком.